Dentro del recinto de la zona histórica de Matagorda se encuentra una construcción que data de finales del siglo XVI, el fuerte de Matagorda.

En 1597 Felipe II ordena por la Real Cedula del 30 de mayo que debía defenderse el interior de la Bahía de Cádiz tras el ataque angloholandés a la ciudad de Cádiz en 1596, naciendo así dos fortificaciones: Matagorda y Puntales. Sin embargo, por diversas complicaciones de la corona la construcción de esto en 1621, 25 años después, seguía incompleta.

Tras su construcción había diferentes dependencias: Casa del Castellano, capilla, almacenes, cuarto para el oficial de guardia, almacenes de pólvora, etc.

En lo referente a la estructura defensiva el frente que daba al mar tenia cinco cañones, de los dieciocho instalados en total en todo el recinto. Ante la entrada de un barco que pueda atacar la Bahía la estrategia consistía en combinar los fuegos de Matagorda con los del Puntal para que el navío entrante no pudiera dar du costado a las baterías.

El fuerte recibió gran protagonismo durante la Guerra de la Independencia, concretamente a finales de enero de 1810 cuando el ejército francés avanza de manera imparable hacia la Bahía de Cádiz y el asedio a la capital es continuo.

El duque de Wellington, aliado del ejercito español, decidió destruir gran parte del fuerte de Matagorda para que no pudiera ser ocupado por los franceses, aunque con nulos resultados ya que tras la ocupación de la villa de Puerto Real el 4 de febrero Matagorda pasa a ser un campo de batalla dentro de la ofensiva en la Bahía de Cádiz. Cronológicamente desde el 21 de febrero hasta el 22 se suceden varios bombardeos entre las posiciones del ejército francés e inglés.

Con la decisión del ejército francés de realizar un asedio final al fuerte, tras la consolidación de sus posiciones en el Trocadero, se produce la llamada Batalla de Matagorda entre los días 21 y 22 de abril de 1810. En esta unos 8000 soldados de la 1ª y 2ª división del primer cuerpo del Ejercito Imperial atacaron Matagorda defendidos por 153 soldados ingleses de la Royal Artillery, Royal Mariners y Royal Navy y el apoyo del navío español San Francisco de Paula.

Tras la batalla el ejercito ingles abandono el fuerte protegidos por lanchas cañoneras españolas, entre todos los ejércitos el saldo total tras el asedio fue de 200 víctimas.

Tras el fin de la guerra, el fuerte de Matagorda no volvió a reconstruirse, aunque con la construcción del Astillero de Matagorda tuvo una función dentro de la actividad de la factoría. Esta fue la de convertirse en los depósitos de carbón que el astillero necesitaba para llevar a cabo su labor industrial. A finales de 1940 se intentó desarrollar la construcción de un varadero que finalmente no se llevo a cabo.

En la actualidad, dentro de las dependencias del Museo «El Dique» la parte mas antigua tiene un importante papel dentro de las instalaciones, ya que a principio de los años noventa se excavaron sus ruinas, siendo hoy en día visitables y en las que se encuentra una zona de descanso al aire libre donde puede avistarse la zona interior de la Bahía Gaditana. Además, se consiguieron recuperar varios objetos procedentes del asedio en 1810 y que pueden verse en nuestras instalaciones, explicando los inicios de la historia del recinto que sería años mas tarde conocido como Astillero de Matagorda.